农村土地承包合同纠纷处理的方式有：协商、调解、仲裁、诉讼。

【法律依据】

《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第三条，承包合同纠纷，以发包方和承包方为当事人。

前款所称承包方是指以家庭承包方式承包本集体经济组织农村土地的农户，以及以其他方式承包农村土地的单位或者个人。