有限责任公司减少注册资本的方式是由董事会制定方案，再经代表三分之二以上表决权的股东通过，股东会对增加或者减少注册资本作出决议。然后，修改公司章程。另外，公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。
【法律依据】
根据《公司法》第一百七十七条，公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。