劳动合同主体变更是否合法要根据具体的情况。如果企业发生变更，比如分立或者合并的，劳动合同主体变更是合法的，或者经双方当事人协商一致的变更，劳动合同仍然是合法的。

【法律依据】

《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。