与犯人办理离婚的方式是，由于犯人被限制人身自由，导致无法亲自去民政部门办理离婚手续，所以只能选择诉讼离婚。

犯人的配偶对犯人提起离婚诉讼的，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。

因此，与犯人离婚时，应当向犯人的配偶住所地法院起诉离婚。

【法律依据】根据《婚姻法》第三十二条，男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。