一、股权代持协议会被认定协议无效的风险。
一般情况下，如果实际投资人与名义股东就股权及收益归属产生纠纷发生争议时，他们之间的代持协议的效力问题就备受关注，对此，我国《公司法》并没有对“股权代持”进行明确规定，导致对于协议效力问题的认定并没有统一的司法尺度。因此，最高院在《关于适用中华人民共和国公司法若干问题的规定
（三）》（下称“公司法解释三”）中对股权代持的问题处理作出了司法解释，首次明确表明了我国法律对有限责任公司的实际投资人的股东资格的确认，对于实际投资人与名义股东之间的代持协议的效力问题，司法解释三规定只要相关协议不存在《合同法》第五十二条规定的情形，则应认定代持协议合法有效。实践中，如果设定股权代持的目的在于以合法形式掩盖非法目的或规避法律行政法规的强制性规定，比如外资为规避市场准入而实施的股权代持、以股权代持形式实施的变相贿赂等，该等股权代持协议最终可能被认定无效。
二、名义股东滥用股东权利损害实际投资人利益的风险。
由于实际出资人对于代持股份无法行使实际的控制权，则存在名义股东利用对股份的控制权损害实际投资人利益的问题。名义股东滥用经营管理权、表决权、分红权、增资优先权、剩余财产分配权等权利，甚至擅自出让或质押股权，都会损害实际出资人的利益。
三、实际投资人股东资格无法恢复的风险
根据公司法解释三的规定“实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持”。公司法规定“股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。”因此，实际投资人想要撤销代持关系，恢复股东资格可能会面临两重障碍，第一是其他股东未有过半数同意；
第二是其他股东要求行使优先购买权。