三证合一后申请公司注册登记的流程：
1、准备公司名称到工商局核名；
2、到刻章厂刻章一套分为公章、财务章、法人章、合同章；
3、工商局办理营业执照；
4、到公司所在地的质量技术监督局办理公司组织机构代码证；
5、国税局办证处办理国税证；
6、地税局办证处办理地税；
7、公司的会计准备材料国地税务分局办理公司备案跟报税等事项。【法律依据】《中华人民共和国公司登记管理条例》第十七条，设立公司应当申请名称预先核准。法律、行政法规或者国务院决定规定设立公司必须报经批准，或者公司经营范围中属于法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的项目的，应当在报送批准前办理公司名称预先核准，并以公司登记机关核准的公司名称报送批准。