股权转让后资本公积的处理有：
1.补偿原投资者资本的风险价值以及其在企业资本公积和留存收益中享有的权益，新投资者如果需要获得与原投资者相等的投资比例，就需要付出比原投资者在获取该投资比例时所投入的资本更多的出资额，从而产生资本溢价。
2.补偿企业未确认的自创商誉，一个企业从创立、筹建、生产营运，到开拓市场，构造企业的管理体系等，进而增加企业的财富。
根据《合同法》第四十四条，股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不等同于股权转让生效。