企业合并后营业执照的处理需要区分不同的合并方式。
第一，吸收合并，即一个企业吸收另一个企业。此时，被吸收的企业需要办理注销登记，营业执照也需要注销，而吸收企业的营业执照继续使用。
第二，新设合并，即有资质的几家企业，合并重组为一个新企业。此时，旧的企业需要全部注销营业执照，由新合并的企业向工商行政部门申请新的营业执照。