解除车辆挂靠协议的方法有二个：
1、由双方协议解除挂靠关系。
2、由挂靠方单方通知被挂靠方解除挂靠。在这种情况下，挂靠方应该要根据挂靠协议的约定承担相应的违约责任。
《合同法》第九十三条规定，当事人协商一致，可以解除合同。当事人可以约定一方解除合同的条件。解除合同的条件成就时，解除权人可以解除合同。