1、电子商业汇票在电子商业汇票系统集中登记处理，一张票只会存在一份；同时，接入行、接入财务公司与电子商业汇票系统保持一致，对客户提供准确的票据信息与服务。票据仅以电子化形式存在，可杜绝克隆票、假票、票据丢失、票据污损造成的损失。
2、电子商业汇票系统采用《中华人民共和国电子签名法》认可的电子签名机制替代纸质签章，提高了签名的准确性，避免了伪造公章或者专用章等造成的损失。
3、只有票据权利人才有权对票据进行操作，系统对每次票据行为的权利人进行检查和验证。