根据《公司登记管理条例》的相关规定，公司变更股东的，应当按照以下程序进行。首先，公司应当向登记机关提交相关文件，包括公司法定代表人签署的变更登记申请书、依照《公司法》作出的变更决议或者决定、新股东的主体资格证明或者自然人身份证明以及国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。其次，公司应当在变更股东之日起三十日内申请变更登记。