结婚证丢失后，夫妻有两种方法来协议离婚：一种是带上身份证到发证的婚姻登记处(结婚窗口)查找结婚登记档案，婚姻登记部门出具查档证明，当事人双方带着户口本、身份证、查档证明和三张大两寸合影相片到当事人一方的户口所在地的婚姻登记部门补办结婚证，也可以到存档的婚姻登记部门补发结婚证。补好结婚证后，双方便可到民政部门协议离婚，办理离婚证。另一种方法是不需要补办结婚证，直接去民政局开具婚姻状况证明，即可以办理离婚登记。