宅基地房屋超建后，属于非法占用土地建造住宅，可以由县级以上人民政府土地管理部门责令退还非法占有的土地，限期拆除在非法占有土地上新建的房屋，或者由村委会征收超占部分的有偿使用费，也可以在土地登记簿和土地权利证书上注明超出的面积，待以后分户建房，或者现有房屋拆迁、改建翻建、政府依法规划重新建设时，按照规定面积标准重新确定使用权，其超过部分退还集体。

所以，宅基地房屋超建，要根据村委会实地考量后，才会作出具体的处理。农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

法律依据

《中华人民共和国土地管理法》第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。

《中华人民共和国土地管理法》第七十八条 农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。