1、退还超出部分的面积。对于农村宅基地面积超标的农户而言，若是不希望自家被罚款，在宅基地却确权之前，可以将超出的宅基地面积退还给本村集体。
2、超出部分有偿使用。部分地区在试行宅基地有偿使用的政策，当自家宅基地不合法超标时，可以按照宅基地有偿使用的政策要求和标准，去相关部门缴纳一定的费用，至于缴纳费用具体是多少还得视情况而定，一般是超出的面积越多，其需要缴纳的费用自然也会更多。
3、强制收回。其实对于农村宅基地面积超标的处理情况很少有强制收回的情况，但是也部分情况下是会进行强制拆除的，比如建新房却未拆除旧房，强制占有的宅基地，用欺骗手段获得的宅基地等等情况。
4、暂时保留。部分农村宅基地超标其实是不适合拆除的，这时可以通过村集体组织成员的集体会议进行讨论，一般会给予暂时保留的处理方法。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》第十六条 下级土地利用总体规划应当依据上一级土地利用总体规划编制。
地方各级人民政府编制的土地利用总体规划中的建设用地总量不得超过上一级土地利用总体规划确定的控制指标，耕地保有量不得低于上一级土地利用总体规划确定的控制指标。
省、自治区、直辖市人民政府编制的土地利用总体规划，应当确保本行政区域内耕地总量不减少。
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