偷渡被罚款5000元的一般属于行政处罚，不算刑事处罚，所以不会留有案底。
行政处罚不是刑事处罚，不会留有案底，但是，被行政拘留的记录在公安机关的治安管理部门是可以查到的。
案底是指某人犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。
具体分析如下：
一、行政处罚不会留下“案底”
案底，也叫“前科”，从法律角度来说指的是犯罪人员犯罪记录制度。根据最高人民法院最高人民检察院公安部国家安全部司法部印发的《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》的通知规定，其内容包括：
犯罪人员信息登记机关录入的信息应当包括以下内容：犯罪人员的基本情况、检察机关（自诉人）和审判机关的名称、判决书编号、判决确定日期、罪名、所判处刑罚以及刑罚执行情况等。
行政处罚则是指行政主体依照法定职权和程序对违反行政法规、尚未构成犯罪的相对人给予行政制裁的行政行为。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，行政处罚的种类包括：
（一）警告；
（二）罚款；
（三）没收违法所得、没收非法财物；
（四）责令停产停业；
（五）暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照；
（六）行政拘留；
（七）法律、行政法规规定的其他行政处罚。
因此，行为人虽然受到了行政处罚，但是没有经过法院审判程序而受到刑事处罚，所以自然也不会在犯罪人员信息登记系统中留下案底。
二、行政处罚可能会留下“违法记录”
行政处罚虽不会在犯罪人员信息登记系统中留下案底，但是可能会在公安机关留下违法记录。
这些违法记录在公安机关内网是可以查到的，对于行为人今后的工作生活一般不会有影响，但是一些比较恶劣的、或者次数较多的处罚记录，可能会对行为人今后的工作生活产生一定影响：
1、如果再次被处以行政处罚时，会加重处罚；
2、对报考政法系统公务员岗位或者一些特殊部门雇员时的政审环节会产生不利影响。
偷渡罪的构成要件有：
1、客体要件，组织他人偷越国(边)境罪侵害的客体是国家对国（边）境的正常管理秩序。
2、客观要件，在客观方面表现为非法组织他人偷越国（边）境的行为。所谓组织，是指采取煽动、串连、拉拢、引诱、欺骗、强迫等手段，策划联络安排他人偷越国（边）境。
3、主体要件，主体是一般主体，即达到刑事责任年龄、具有刑事责任能力，实施了组织他人偷越国（边）境行为的自然人。单位不能成为组织他人偷越国（边）境罪的主体。
4、主管要件，在主观方面是直接故意、其主观目的是要将他人非法送出或引进国（边）境。主观上不一定必须具备以营利为目的。实践中，组织他人偷越国（边）境的犯罪一般是以营利为目的。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条 未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。