擅自改变国有土地用途的处理是：相关行政主管部门可以要求当事人停止违法行为，并限期整改。当事人不听劝告的，可以采取行政处罚措施，包括责令改正、罚款、没收违法所得、暂扣或者吊销相关许可证等。涉嫌犯罪的可以向公安机关报案，由公安机关进行立案调查，依法追究刑事责任。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》第二十五条 经批准的土地利用总体规划的修改，须经原批准机关批准;未经批准，不得改变土地利用总体规划确定的土地用途。
经国务院批准的大型能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，根据国务院的批准文件修改土地利用总体规划。
经省、自治区、直辖市人民政府批准的能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，属于省级人民政府土地利用总体规划批准权限内的，根据省级人民政府的批准文件修改土地利用总体规划。
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