通常情况下，税务局会短信通知企业法人、财务负责人及办税人员，企业办税人员在得知企业纳税申报逾期后，应及时前往企业对应的税务局进行补申报处理。
具体处理方案如下（逾期时间较短）：
A、携带企业公章前往所在税务局；B、国地税税务局大厅都会有自行申报表，办税人员根据企业情况填写申报表；C、填写好申报表后交至大厅对应窗口补申报；D、如有税款需当场缴纳税款及滞纳金（部分地区可通过三方协议直接扣款公司对应银行账户）。

法律依据

《中华人民共和国个人所得税法》第一条 在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。