土地确权证办理流程如下：

(1)申请登记。由用地者到市国土资源局地籍股填写土地登记申请书，提交申请人身份证或户口簿和建设用地许可证，建筑许可证，房产证等土地权属来源证明文件。

(2)地籍调查。由国土资源局派人到实地调查，全面核实土地登记申请的内容，计算宗地面积，绘制宗地图。

(3)权属审核。由国土资源局专职人员对申请登记的土地权属性质、用途权属来源、宗地面积等进行审核。

(4)注册登记。填写《土地登记卡》、《土地归户卡》和《土地使用证》。

(5)颁发土地证书。申请人凭身份证和《土地使用登记收件单》，领取《土地使用证》。

法律依据

《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》十五条 办理农村土地承包经营权变更申请应提交以下材料： （一）变更的书面请求； （二）已变更的农村土地承包合同或其它证明材料； （三）农村土地承包经营权证原件。