以非法方式收集的证据的处理方式为:采用刑讯逼、暴力、威胁供等非法方法收集的证人证言、被害人陈述,应予以排除。收集物证、书证不符合法定程序,可能严重影响司法公正的,应予以补正或作出合理解释;不能补正或者作出合理解释的,对该证据应予以排除。在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的,应依法予以排除。