选择专利保护与商业秘密保护的确认方式:1、已经公开的、周期长的,适宜选择专利保护;2、不属于专利法保护、创造性高度不够、公开容易造成损失的客体,适宜选择商业秘密保护;3、选择专利保护与商业秘密保护的其他确认方式。