存疑不起诉的话可以申请国家赔偿。因为法律规定，对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的，受害人有取得赔偿的权利。 而存疑不起诉就是对嫌疑人实施了强制措施后又决定不起诉而终止追究刑事责任的情况，所以存疑不起诉的话可以申请国家赔偿。
不会对存疑不起诉开除公职。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。存疑不起诉的犯罪嫌疑人不会受到任何刑事处罚，犯罪不成立，因此不会被开除公职。
存疑不起诉并不是绝对不起诉，如果在之后发现了新的证据，这个时候是可以进行起诉的。 存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据度不足，不知符合起诉条件的，作出的不起诉决定。实质上是人民检察院通过刑事诉讼法赋予的侦查手段，对犯罪嫌疑人进行刑事侦查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。 如果在之后发现了新的证据，就可以进行起诉。
如果当事人被羁押或者采取了其他强制措施的，则存疑不起诉可以申请国家赔偿。 因为存疑不起诉说明检察院是在案件事实不清，证据不足的情况下在才决定不起诉的，这样被采取强制措施的嫌疑人就是无罪的，无罪被采取了强制措施的，当然可以申请国家赔偿。
根据法律规定存疑不起诉必须经过两次补充侦查，否则不得作出该决定。检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
根据我国刑事诉讼制度，存疑不起诉后仍存在重新起诉的可能性，但需满足特定条件。
不起诉决定作出后刑事强制措施应解除。 不过，不起诉分为绝对不起诉，相对不起诉和证据不足不起诉。 如果是相对不起诉，则可能会面临行政处罚。
存疑不起诉后再次起诉是合法的，存疑不起诉后需要重新起诉的必须要确定掌握了他人犯罪的证据。存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。
1对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。 2、存疑不起诉是我国刑事诉讼法规定的三类不起诉情形中的一种，是现代刑法“有利被告”思想和诉讼经济原则的具体体现。 3、其适用的对象是事实不清、证据不足的案件。 4、由于作存疑不起诉处理的案件会涉及到具体的刑法罪名，人们通常将这类案件称之为“疑罪”。 5、存疑不起诉，关键在于如何准确认识和把握疑罪。这是司法实践中分歧较大的问题，也是现实中迫切需要解决的问题。它关系到能否正确贯彻疑罪从无的诉讼原则，关系到办案质量和司法公正。
存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。 包括两个条件： （1）案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。 （2）证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。
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