如果宅基地有纠纷,那么不能进行确权,要先把纠纷给解决了,才能进行确权。处理纠纷的方式一般有三种,第一种就是有纠纷的双方可以自己协商解决,第二种方法就是有政府来处理,第三种方法就是向法院起诉,通过司法途径来解决。在纠纷解决好了,就可以进行确权。