收割机跨区作业证怎么办理?办理流程如下:1、申请;2、申请材料:身份证;有效期内驾驶证;年度检验合格期内的行驶证。3、领证。根据《联合收割机跨区作业管理办法》第十二条规定:从事跨区作业的联合收割机,应由机主向当地县级以上农机管理部门申领《联合收割机跨区收获作业证》(以下简称《作业证》)。《作业证》实行免费发放,逐级向农业部登记备案。