治污设施不正常运行的处罚是: 1、初次违法:警告或罚款1万元; 2、初次违法且情节轻微:停止违法行为、限期改正、罚款1-3万元; 3、擅自拆除、闲置设施:停止违法行为、限期改正、罚款3-4万元; 4、两次以上擅自拆除、闲置设施:停止违法行为、限期改正、罚款4-5万元。