合同纠纷案件证据不足的，法院会驳回原告诉讼请求。但是如果是当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，证据不足应当作出证据不足，被指控的罪名不能成立的无罪判决。
如果在侦查阶段，公安认为证据不足的话就会直接撤销案件。如果在检察院审查起诉阶段，针对证据不足的，检察院会建议公安撤回案件，检察院也可以直接做不起诉处理。如果在法院审判阶段，法院可以判处无罪。
证据不足的，检察院不会起诉 如果在侦查阶段，公安认为证据不足的话就会直接撤销案件。
最多两个月，对于证据不足的刑事案件，检察院应当撤案。 我国法律规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。 对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
根据所处的法律阶段不同，证据不足的刑事案件有以下三种结案方式和处置程序： 一、公安机关立案后，经过初步调查取证发现证据不足，无法证明嫌疑人实施了犯罪行为的，公安机关将会不予立案或者撤销立案，释放被拘留的嫌疑人，终结法律程序。 二、嫌疑人被拘留的证据严重不足的案件，检察院将不会批准逮捕嫌疑人，嫌疑人将获得取保候审。如果公安机关无法在后续的调查取证中获得有效证据，嫌疑人将不会被移送检察院审查起诉，一年的取保候审期限届满后，取保候审解除，嫌疑人将不会被审判，更不会被判刑。 三、移送起诉到法院的证据不足的案件，法院将依法作出无罪判决。
如果在侦查阶段，公安认为证据不足的话就会直接撤销案件。如果在检察院审查起诉阶段，检察院会建议公安撤回案件，检察院也可以直接做不起诉处理。如果在法院审判阶段，法院可以判处无罪。
根据我国法律依据规定，对于被害人（或起诉人）向人民法院提起刑事自诉，人民法院经审查后，发现证据不足，应当要求自诉人限期内提供补充材料，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。
证据不足，只是实施监视居住的因素之一。如羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取监视居住措施。 对于患有严重疾病、生活不能自理的或者因为案件的特殊情况或者办理案件需要，采取监视居住措施更为适宜的，可以采取监视居住。
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