医疗事故罪的证明责任体系以公诉机关为核心,需通过严格证据链证明过错、后果及因果关系。被告人可通过质疑证据合法性、申请重新鉴定等方式维护权益,但最终是否构成犯罪仍取决于控方举证是否达到“排除合理怀疑”的刑事证明标准。