船舶超航区处罚规定为:海事管理机构实施海事行政处罚时,应当责令当事人改正或者限期改正海事行政违法行为。对有两个或者两个以上海事行政违法行为的同一当事人,应当分别处以海事行政处罚,合并执行。对有共同海事行政违法行为的当事人,应当分别处以海事行政处罚。