法院查封的车辆违章处理如下:1、查封是机动车有法律纠纷被法院给查封了,查封后的机动车可以检车,正常行驶,但不能过户;2、根据相关规定,对被法院查封的车辆,只是影响到车辆所有人的处分权利,而不会影响到车辆的正常使用及年检;3、按照正常处理违章即可。该车辆在扣押期间权利人要求办理权属登记手续的,人民法院应当准许并及时办理相应的扣押登记手续。