一般来说，如果单位有违反一些法律法规的行为，就会怕劳动仲裁，因为仲裁结果会对其不利，不仅有一定的处罚，一般处罚比较严重，而且会影响单位的未来的发展。劳动者与单位存在争议的，可以申请劳动仲裁。如果劳动者对劳动仲裁不服，可以在裁决书生效的十五天之内向法院提起诉讼。
一般企业怕劳动仲裁的原因如下：1、在仲裁程序中，对于一些纠纷不大的劳动争议，企业不服的不得再次提起诉讼，但劳动者不服的却可以再次提起诉讼，另外企业需要承担更多的举证责任及相应的不利后果；2、在相关法律中，除非是劳动者具有法定过错，否则企业一般不得解除劳动合同，只有符合法定情形用人单位才能解除劳动合同并要支付经济补偿金。
以上就是为什么企业会怕员工劳动仲裁，劳动仲裁是员工为了保障自己的合法权益的有利武器，一旦企业对员工有不恰当的处理方式，员工则可以争取。
法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。