《劳动争议调解仲裁法》第二十一条规定：劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。
劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
因此，如果船员需要申请劳动争议仲裁，则要在船员与单位的劳动合同履行地和单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请。