一些劳动仲裁机构和法院均裁（判）决劳动者只能追讨两年内的加班工资，认为超过两年部分已经失去时效。但对于加班工资，没有任何一部法律设定两年的保护时效。只有在劳动者没有举证又无法查证的情况下，超过两年部分的加班工资才一般不予保护。有两年限制的不是时效，而是举证的责任。
根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条第四款规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制（即劳动争议申请仲裁的时效期间为一年）。