员工集体旷工的，需根据公司的规章制度确定如何处理。若给公司造成重大损害的，用人单位可以依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。
《工资支付暂行条例》规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。