工伤认定申请下不来，那么费用应该由员工本人承担，在工伤认定为工伤之后，医疗终结后是可以申请报销的。如果不能认定为工伤，那么费用就只能自己出了。但是可以使用医疗保险进行结算。

《工伤保险条例》第二十条，社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。