一般情况下，医生辞职是不需要赔付违约金的，只需要在离职前提前三十日通知用人单位即可，不需要额外地赔付违约金，大家只要按时及时地和医院一方提交辞职信即可。但还有一特殊情况，即在签订的合同中是否存在有关违约金的相关规定，如有，那么就需要如约履行赔付规定的金额。
1、劳动者违反合法的约定服务期的
《劳动合同法》第22条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
违约金计算：违约金的数额≤培训费用，同时违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
2、签了竞业限制协议的
如果员工和单位签了竞业限制协议，那么该职工不得违反，否则根据《劳动合同法》第23条规定，职工应当按照协议约定向用人单位支付违约金。
该协议只对单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员有效，其它职工即使签了也对其没有约束力的。