防止劳动合同违约金纠纷的方式如下：
(一)签订合同时应适当约定合同期限，尤其是有一技之长的劳动者，应结合自己的情况约定合同期限。
(二)劳动者和用人单位在结束劳动合同的方式上，应力求选择合同期满或约定的终止合同条件出现的时刻，采取终止合同的方式结束双方的劳动关系，避免违约行为的出现。
(三)用人单位与劳动者约定违约金一类的数额时，如果地方有最高限额的规定，应依据该规定约定;如地方无规定，应根据劳动者的承受能力，工资状况加以约定，避免无法实现的情况出现。
(四)劳动关系任何一方当事人出现需解除合同的机遇时，都应慎重、全面思考利弊，一旦出现解除合同的违约情况，违约方应自觉承担违约责任。
(五)如果劳动关系任何一方当事人预料违约金一类的劳动争议势不可免，则应事先早有准备，即应事前收集、保存好相关的证据。一旦争议发生，应依法通过劳动争议仲裁委员会和人民法院保护自己的合法权益。

《合同法》第一百一十四条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。