1、小产权房没有国家发的土地使用证和预售许可证，国土房管局也不会给购房合同备案，小产权买卖不受法律保护；而商品房是经国家批准建设的，买卖受国家法律保护。
2、购买小产权房拿不到国家颁发的办理房产证、土地使用证、契税证；而商品房由国家颁发产权证、国有土地使用证、契税证。
3、小产权房不具有房屋合法所有、转让、处分、收益等权利；商品房具有。
4、买小产权房不能办理贷款，只能一次性或分期付款；而购买商品房可以办理按揭贷款，满足条件的还可以办理公积金贷款。