二手房合同纠纷作为民事纠纷，可以通过协商或者诉讼的方式予以处理。
所谓协商处理，就是二手房买卖合同的当事人对合同中有争议的部分进行协商，从而对原合同中规定的或者没有规定的内容进行修改、删除和增加。当事人按照协商后的内容履行各自的权利义务。
如果二手房买卖的当事人不能通过协商的方式解决二手房合同纠纷，那么，就只能向法院起诉，要求法院来处理二手房买卖纠纷。但是，起诉时必须要收集到充分的证据来证明自己的主张，否则法院很可能不不予认可。
《民法总则》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。