1、法律风险。因为小产权房只具备了普通商品房的使用性质，但不具备法律性质。所以，法律法规对商品房的相关规定和制度对小产权房是无效的，购房人权益很难得到维护。
2、政策风险。如果购买的是在建项目，遇上相关部门整顿小产权房，可能会导致部分项目停建甚至被强拆。购房人可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的境地。
3、购房后如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以其很可能无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比是微乎其微的。