金融机构借款合同纠纷案件需要提交的证据材料有：
1.自然人应当提交记载其姓名、性别、年龄等材料；
2.法人或者其他组织应当提交法人或者其他组织的营业执照；
3.借款合同；
4.保证合同或者保函；
5.发放借款的证据；
6.其他证明案件事实的证据根据《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十七条，原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩转账系偿还双方之前借款或其他债务，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的成立承担举证证明责任。