请假一天扣两天工资是不合法的。

《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有违反用人单位规章制度情形的，用人单位可以解除劳动合同。