公司注册房屋租赁合同办理流程如下:

1、租赁双方持相应证件，到房屋租赁管理办公室登记;

2、租赁工作人员对证件进行审查，对租赁合同进行监证，审查初步通过后予以签署初审意见;

3、在初审通过基础上进行二次审查，签署二审意见;

4、租赁双方缴纳规定税费后，发给承租人《房屋租赁登记证》;

5、在手续齐全查审无误的情况下，三天内可办完。