自动离职后，用人单位会办理档案转移。劳动者在新单位就业的，转移到新单位;没有在新单位就业的，转移到劳动部门的人才市场或者街道劳动保障所。

《劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

【法律依据】

《劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。