企业并购融资制度存在的问题有：

1. 银行信贷管理体制对并购贷款的限制缺乏灵活性。

2. 上市公司并购非上市公司后如何解决新增资部分的上市便存在障碍，为完成并购而发行股票也受到制约。

3. 企业债券的发行同股票一样实行计划额度管理，且审批过程繁琐严格，影响并购融资的时间要求。

【法律依据】

《股票发行与交易管理暂行条例》第四十三条，任何金融机构不得为股票交易提供贷款。