劳动仲裁案件申请撤诉可以直接通过劳动仲裁部门,提出撤诉申请，撤回诉讼就可以了。

法律依据：按照《劳动争议调解仲裁法》规定，提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。

除非当事人是因不可抗力或有其他正当理由，否则超过法律规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会不予受理。