员工自动离职后，单位可以先向其事先确认的送达地址邮寄送达一份《催告函》，催告其返回公司正常上班，告知其如有特殊情况，需履行请假手续并提交相应的证据，并告知逾期不返的后果。

《催告函》发出超过指定期限员工仍未返回的，再依据公司规章制度的规定（缺勤达到一定天数解除劳动合同）做出解除劳动合同的决定，有建立工会的企业，解除前记得通知工会。

法律依据：《劳动合同法》第九十条：劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业禁止，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。