农村土地承包经营权证变更登记办理的程序如下：

1、承包方向当地乡(镇)人民政府农村经营管理部门进行申请，填写变更登记申请书；

2、乡(镇)人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核；

3、符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。