养殖土地使用权证办理流程：

（1）申请登记。

（2）地籍调查。

（3）权属审核。

（4）注册登记。

（5）颁发土地证书。

【法律依据】

《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五条，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，中央国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。未确定使用权的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，负责保护管理。