办理农村集体土地使用证的流程如下：

1、村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表；

2、提交相关材料；

3、由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图；

4、先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核；

5、经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。