目前还没有明确的法律、法规规定确认事实劳动关系不适用时效制度。在法律实践中，劳动者往往是因为实体权益受到侵害，在用人单位否认与其存在劳动关系的情况下，要求确认与用人单位之间存在劳动关系。

【法律依据】

《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条规定，当事人未提出诉讼时效抗辩，法院不应对诉讼时效问题进行释明和主动适用诉讼时效的规定予以裁判。