外资公司股权转让协议的签署流程如下：

1、转让方和受让方之间达成合意；

2、签订股权转让协议；

3、公司注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并修改公司章程和股东名册等等；

4、在三十日内申请变更登记。

【法律依据】

《公司法》第七十三条规定，依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。

对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。